Generar una copia de tu información es muy fácil, sólo tenes que ir a solapa superior Herramientas > Generar copia de seguridad. Ahí podrás indicar la carpeta que quieras, por defecto es C:\NeoFactura\BK. Si queres cambiar la carpeta, podes tipearla o examinar con el botón "...".
El sistema genera un archivo ZIP con toda tu información, licencia, logo, archivos de AFIP y reportes, que luego podras restaurar en el caso de ser necesario.
También tenes la posibilidad de subir una copia a la nube, a Dropbox. Para eso necesitas abrir una cuenta (es gratuita) en Dropbox y crear un token. Ese token lo configuras en NeoFactura, solapa superior Inicio > Parámetros > solapa Dropbox.
Todas las instrucciones las encontrás acá.