La única diferencia es que sólo tenes que indicar los medios de cobro o pago, sin imputar comprobantes.
1. Ingresar a solapa superior Tesorería > Ingreso de comprobantes:

2. Ingresar fecha, Tipo de comprobante (REC), Cliente y Concepto:

3. Finalmente en la solapa "1. Cuentas" agregas las cuentas que corresponden a los medios de pago recibidos. El importe de la cuenta principal se completará solo:

* No se debe indicar ninguna imputación a comprobantes en la solapa 2. Comprobantes.
Para guardar el comprobante, clic en "Aceptar" o <F12>. Luego podes imprimirlo sin cerrar la ventana, desde el icono "Imprimir comprobante":

De ésta forma, el recibo queda con saldo pendiente para que lo puedas aplicar más adelante en otro recibo, junto con comprobantes de ventas, facturas, notas de crédito, etc.

* Este mismo procedimiento aplica para registrar pagos a cuenta a proveedores, utilizando el tipo de comprobante PAG.